oblemas com a Sony Durante a rápida divulgação do álbum ficaram explícitas as divergências entre Michael e o então-chefe da Sony Music, Tommy Mottola. Os problemas começaram em 2000, quando Jackson tentou retirar a licença das gravações originais do catálogo dele da gravadora para lançamento independente. Assim Michael não precisaria dividir os lucros com a Sony. Entretanto, os advogados de Jackson encontraram cláusulas no contrato dele com a gravadora que impediam a transação.Para evitar uma disputa judicial, Michael e a Sony fecharam um acordo que permitiria que ele abandonasse a gravadora depois do lançamento de Invincible, mas não antes de um pacote de coletâneas que reuniriam os maiores sucessos dele. A crise se acentuou quando a canção "You Rock My World" vazou para as rádios ilegalmente e teve que ser lançada como primeiro compacto do álbum. Michael queria "Unbreakable" e se negou a colaborar com a divulgação de Invincible.
O álbum A Sony boicotou o álbum de Jackson, retirando das lojas após três meses de lançamento. Ainda assim, Invincible vendeu 11 milhões de cópias no mundo todo, algo difícil até para os artistas que estavam no auge na época.
Uma semana após os atentados terroristas de 11 de setembro nos Estados Unidos, Michael Jackson anunciou a gravação de uma canção beneficente para arrecadar fundos a familiares das vítimas. Mais de 35 cantores contribuíram, como Shakira, Celine Dion, Ricky Martin, Luther Vandross, Justin Timberlake, Carlos Santana, Beyoncé, Laura Pausini e Mariah Carey. O compacto nunca foi lançado devido aos desentendimentos do astro com a Sony Music. Além disso, especula-se que o envolvimento de um dos produtores do projeto com a indústria do cinema pornográfico estadunidense teria afastado patrocinadores.
Jackson ajudou a formar o “United We Stand: What More Can I Give”, concerto beneficiário realizado no RFK Stadium em Washington. Onde cantou What More Can I Give junto com outros cantores e Man In The Mirror sozinho, porém essa última não foi exibida na televisão. Premiações: Em 2006, Jackson compareceu a diversas premiações e homenagens. A primeira delas foi a homenagem realizada em maio de 2006 na MTV japonesa, durante a premiação da Video Music Awards Japan '06. Nessa premiação, Jackson recebeu a Legend Award - raramente concebida a alguém -, devido a ele ser o artista masculino internacional que mais vendeu no Japão, uma lenda viva da música. A imprensa em geral fez um enorme destaque para esse evento, devido ao fato de que foi a primeira aparição pública que Jackson fez desde sua absolvição saindo de sua reclusão no Bahrain.
ichael recebeu em 2006, oito Guinness World Records, entre os registros estavam, “Primeiro artista a ganhar mais de 100 milhões de dólares em um ano”, “Primeiro artista a vender mais de 100 milhões de álbuns fora dos Estados Unidos”, “ Artista mais bem sucedido no mundo da música” entre outros, sendo ainda cogitado como o artista mais rico do mundo, com uma fortuna estimada em mais de 8 bilhões de dólares. Também no ano de 2006, em novembro, Michael compareceu ao World Music Awards. Recebeu o Diamond Award, dado a artistas que venderam mais de 100 milhões de discos. Durante a premiação, Jackson também recebeu o 9º certificado do Guinness da semana, dado em razão das 104 (na época) milhões de cópias vendidas do álbum Thriller.
Em estúdio: Em maio de 2006, Michael se mudou do Bahrain para a cidade de Dublin, na Irlanda, onde continuou a gravar o que será o décimo-terceiro álbum solo da carreira - o primeiro desde Invincible, lançado em 2001. A previsão era que o álbum chegasse às lojas até o verão de 2007 e seria distribuído pela gravadora independente 2 Seas Records, propriedade do sheik do Bahrain Abdulla bin Hamad Al Khalifa. Mas a distribuição por conta da 2 Seas Records já foi descartada. O selo de gravação agora é a Michael Jackson Company Inc., criada há pouco tempoEm outubro do mesmo ano, o programa de televisão Access Hollywood teve acesso ao estúdio enquanto Michael trabalhava com o produtor e rapper Will.i.am, membro-líder do grupo Black Eyed Peas. O estúdio que Michael trabalhava em Dublin era a Grouse Lodge Residential Studios. Michael e a Sony compraram em 2007 o Famous Music LLC da Viacom. Que lhe concedeu o direito sobre canções de Eminem, Shakira entre outros.
Thriller 25th, King of Pop e a venda de Neverland Na tentativa de resgatar a visibilidade musical de Jackson, em 11 de fevereiro de 2008, a SonyBMG lançou Thriller 25th, uma edição comemorou os 25 anos do lançamento de Thriller, o seu mais conhecido álbum. Foram confeccionados remixes com a participação de artistas da época para compor a lista das faixas. Dentre os convidados estão Will.I.Am, Akon, Fergie e Kanye West. A Edição Especial é composta pelo CD - contendo as faixas convencionais e os remixes, adicionado o verso solo de Vincent Price e a música inédita For All Time - e um DVD, contendo os clipes do álbum e a performance de Billie Jean no 25º Aniversário da Motown, em 1983. Thriller 25 pode ser considerado sucesso comercial: Chegou à posição #2 nos Estados Unidos, #3 no Reino Unido, e no TOP#10 em mais de trinta países. Atingiu três semanas em primeiro lugar na França, e duas semanas, em primeiro da Argentina, Bélgica, e no Reino Unido. Foi certificado "Disco de Ouro" em 11 países.
Nos Estados Unidos, Thriller 25th foi o segundo álbum mais vendido na sua semana de estreia, passando dos 166.000 exemplares. Foi inelegivel para o chart Billboard 200 por ser relançamento, mas entrou no Pop Catalog no número um, onde permaneceu durante nove semanas consecutivas. Este foi o melhor lançamento Jackson desde Invincible em 2001, com um valor estimado de 500.000 exemplares e 2 milhões de cópias vendidas em 12 semanas.
Para comemorar o aniversário de 50 anos de Michael Jackson a SonyBMG lançou “King of Pop” a primeira coletânea interativa de Michael Jackson que contou com seu público para seleção das faixas.
O cantor vendeu seu rancho Neverland, depois de três anos sem morar no lugar. No entanto gerou controvérsia da imprensa, já que ele vendeu a propriedade para uma companhia que ele mesmo era u um dos donos.
This Is It: This Is It seria uma série de 50 concertos que teria início em 13 de julho de 2009, na O2 Arena, em Londres. Os shows seriam suas primeiras aparições significantes desde a bem-sucedida HIStory World Tour de 1996/1997, já que em 2001, ano de lançamento de seu mais recente álbum de inéditas, não foi realizada uma turnê para a promoção deste álbum, apenas 2 concertos foram realizados na cidade de Nova Iorque para a comemoração de seus 30 anos de carreira. Os ingressos desses concertos foram vendidos.
Como parte das preparações para a temporada desses 50 shows que Michael Jackson faria em Londres, ele participou dos testes para escolha dos dançarinos que o acompanhariam.
Morte Em 25 de junho de 2009, foi noticiado que Michael Jackson sofreu uma parada cardíaca em sua casa, na vizinhança de Holmby Hills, Los Angeles, CA, Estados Unidos. Os serviços de emergência médica socorreram o cantor em sua casa, na tentativa de reanimá-lo. Porém, como Jackson se encontrava em estado de coma profundo, ele foi levado às pressas para o hospital universitário da Universidade da Califórnia em Los Angeles (UCLA).
Desde sua internação, rumores haviam se espalhado pela imprensa confirmando seu falecimento. Às 14h06min (horário local) de 25 de junho de 2009, o site Los Angeles Times tornou-se um dos primeiros a divulgar a morte do astro. Seu falecimento teve uma repercussão internacional instantânea, sendo motivo de preocupação por parte dos fãs em muitas partes do mundo. Defronte ao hospital da UCLA, muitos fãs do cantor cercaram o prédio à procura de informações sobre a suposta 'morte' de Jackson. Porém, pouco tempo depois da internação de Jackson, sua morte foi confirmada às 14h26min (horário local) do mesmo dia.
